L’évolution de la population est présentée dans le tableau ci-dessous

La première mention du village date de l'an 1434. Jusqu'en 1792, le village s'appelait Les Bois Jean Ruedin. En effet, on attribue la fondation de ce lieu à un certain Jean Ruedin qui serait venu de Cressier(NE), au XVe siècle, probablement après l'exemption des tailles, accordée en 1384 par l'évêque de Bâle, lmier de Ramstein, aux habitants de la région, dénommée dès lors La Franche Montagne. Pendant la guerre de Trente Ans, les Suédois en firent voir de toutes les couleurs aux habitants. De plus, en 1628, la peste noire fit des ravages. On dénombra 18 morts par maison. La peste était tellement crainte qu'il était donné 3 livres à qui enterrerait un mort. En 1636 fut créé le cimetière des pestiférés, heureusement conservé.

Pendant deux siècles, la commune des Bois fut rattachée à la paroisse mère de Montfaucon, puis à celle de Saignelégier. En 1610, Les Bois devinrent paroisse avec Le Noirmont, jusqu'au jour où, la population ayant augmenté, elle obtint du prince évêque, Guillaume Rinck de Baldestein, d'être érigée en paroisse indépendante en 1619, moyennant une contribution à la dot curiale de 300 livres bâloises. On songea aussitôt à construire une église. La première pierre de ce nouveau sanctuaire fut consacrée le 15 août 1619 par le suffragant du Prince Jean d'Ostein, Jean-Bernard d'Angeloch, évêque titulaire de Chrysopolis (Besançon).

Elle devint bientôt trop petite pour la population des Bois, qui s'était considérablement accrue. On entreprit alors en 1830, grâce à l'initiative du curé Aubry, la construction d'une nouvelle église qui coûtât 45'000 francs. Elle fut achevée en 1834 et fut consacrée solennellement par Mgr Lachat, évêque de Bâle, le 30 septembre 1864.

Les plus anciennes familles des Bois sont les Cattin, Triponaz ou Triponez, Ruedin, Jeanbourquin, Godat, Baume, Jobin. Elles venaient d'Alsace, de Neuchâtel ou de Savoie.

La commune des Bois peut se vanter d'être un point important de la géographie. En effet, dans le hameau de Biaufond, sur la commune des Bois, au bord du Doubs, il existe une borne qui, depuis 2000 ans, représente la borne frontière ; d'abord entre les Séquaniens, les Rauraques et les Helvètes ; plus tard entre la Franche-Comté, la principauté de Porrentruy et le Comté de Neuchâtel. Elle sépare au XIXe siècle les diocèses de Bâle, de Besançon et de Lausanne, la France et les cantons de Neuchâtel et de Berne.

Au chapitre de l'histoire, l'on ajoutera que les habitants des Bois sont nommés les Ruedisylvains et qu'ils portent fièrement le sobriquet de « Gremôds » (c'est-à-dire de petites limaces que l'on trouve dans les salades). Si l'origine de Ruedisylvain provient de la contraction de « Jean Ruedin des Bois », l'origine du sobriquet est plutôt ténébreuse.